Evidence členů ČLS JEP i jejich jednotlivých organizačních složek (tj. odborných společností a spolků lékařů) se vede centrálně v sekretariátu ČLS JEP.

Zájemce o řádné členství v ČLS JEP i v jejích organizačních složkách musí vyplnit Přihlášku a předá ji přímo předsedovi organizační složky ČLS JEP nebo pošle do evidence členů ČLS JEP (adresa uvedena na přihlášce), která ji předá k projednání do výboru příslušné organizační složky.

Při vyplňování přihlášky zájemce označí v Přehledu odborných společností a spolků lékařů ČLS JEP, vybranou organizační složku, již se chce stát členem. Pro každou organizační složku je nutno vyplnit samostatnou přihlášku.

O přijetí zájemce o členství v některé z organizačních složek ČLS JEP rozhoduje výbor této organizační složky.

Nový člen je zaveden do centrální evidence členů ČLS JEP. Členem ČLS JEP i jejích organizačních složek se může stát občan ČR i cizinec.

Řádným členem ČLS JEP:

• se může stát lékař, farmaceut, případně jiný pracovník ve zdravotnictví a příbuzném oboru, který souhlasí s posláním a cíli ČLS JEP a zaváže se přispívat k jejich plnění
• je každý člen některé z jejích organizačních složek. Množství organizačních složek, jejichž může být členem, není omezeno.
• se může stát i nezávislá právnická osoba obdobného zaměření. Žádost o přijetí do sdružení je nutno zaslat předsednictvu ČLS JEP, které rozhodne o přijetí každé právnické osoby individuálně. Členství právnické osoby je upraveno schválenou přihláškou pro právnické osoby.

Výbor organizační složky je jejím řídícím a výkonným orgánem; je v kontaktu s jednotlivými členy této organizační složky (např. posílá informace o jejích aktivitách, nabízí účast na edukačních akcích apod.). Výbor spolupracuje s předsednictvem ČLS JEP. Výbor též stanoví výši členských příspěvků organizační složky. Některé organizační složky mají diferencovanou výši členských příspěvků pro různé kategorie (skupiny) členů, např. v závislosti na věku. Členské příspěvky se hradí jedenkrát ročně. Výbor organizační složky může rovněž ukončit členství svých členů, neplní-li povinnosti, uvedené ve Stanovách ČLS JEP.